Корни инди частично уходят в саунд и эмоциональность американского андеграунда и альтернативного рока 1980-х. В 1990-х годах, когда в мейнстрим прорвались такие американские альтернативные группы как Alice in Chains, Nirvana, Soundgarden и Pearl Jam, инди-рок отделился от альтернативного. Предпочтения мейнстрима превратили альтернативу в новую форму гитарного рока, и инди-рок можно назвать ответной реакцией на это явление.

Одной из важных отличительных черт инди-рока является то, что он не зависит от предпочтений и потребностей масс. Существует множество причин этой несовместимости — например, музыка может быть слишком причудливой и эксцентричной, слишком простой, слишком таинственной, слишком чувственной или меланхоличной, слишком мягкой и нежной, слишком мечтательной и гипнотизирующей, слишком личной или со слишком откровенной лирикой, слишком плохо записанной или слишком малобюджетной, слишком сырой или размытой, с изобилием гитарного нойза (Sonic Youth, Dinosaur Jr, Cake, Pixies, Jesus & Mary Chain), слишком резкой по структуре, слишком новаторской или экспериментальной. Но независимо от особенностой музыки, она делается аутсайдерами для аутсайдеров — как и альтернатива в свое время.

В 90-х инди-рок и альтернатива породили множество подстилей, таких как инди-поп, дрим-поп, нойз-поп, брит-поп, лоу-фай, мат-рок, построк, сэдкор, инди-грайнд и третья волна эмо).